De wijkgemeente Wilhelminakerk behoort tot de hervormde gemeente Ridderkerk, die op haar beurt deel uitmaakt van de classis Dordrecht. Ridderkerk vormt met de hervormde gemeente in Hendrik-Ido-Ambacht en de hervormde gemeente Rijsoord de ring Ridderkerk.
We noemen de gehele hervormde gemeente Ridderkerk de centrale gemeente. Deze centrale gemeente is verdeeld in 5 wijkgemeenten, te weten:
1. Singelkerk, ds. G.D. Kamphuis
2. Goede Herderkerk, ds. Mark van Pelt
3. Wilhelminakerk, vacant
4. Vervallen; voorheen wijkgemeente Den Donck. Sinds 1 april 2006 is deze wijkgemeente geen onderdeel meer van de hervormde gemeente Ridderkerk, maar is zij gefuseerd met de Christus-is-Koning-kerk tot Protestantse Gemeente.
5. Boezemkerk, geen eigen predikant
6. Ichthuskerk/Immanuëlkapel, ds. E. de Mots
Iedere wijkgemeente heeft een eigen predikant en een eigen kerkenraad. De algemene kerkenraad behartigt de zaken van de centrale gemeente. Deze bestaat uit 12 ambtsdragers (2 per wijkgemeente) en de beide voorzitters van de colleges van kerkrentmeesters en diakenen. Uit de afgevaardigden wordt een bestuur (moderamen) gevormd, waarin alle wijken een vertegenwoordiger hebben. Preses en assessor zijn predikanten; zij wisselen jaarlijks, zodat iedere predikant aan de beurt komt.
Verder is er een college van kerkrentmeesters en een college van diakenen die elk op eigen terrein de belangen van de centrale gemeente behartigt. Het bestuur van alle centrale colleges vindt u in Kerkelijk Contact.